Scusatemi, ho risolto. Salvavo in .dwg e non in .3dm. Salvando in .3dm tutto funziona, imposti colori e spessori dei vari layr e li salva assieme al disegno. Se salvi .dwg non lo fa.
Perchè salvavo .dwg? perchè il file lo utilizzavo come base 2d in 3dsmax. Non esiste altro modo di linkare un file rhino in 3ds max vero?